Nach 39 langen Jahren wieder ein Titel
in den Vereinszeitungen 2000 - 2009
Das 100-jährige Vereinsjubiläum feiert der 1. FCN als Zweitligist. Dem Aufstieg 2001 folgt der Abstieg 2003. Der sofortige Wiederaufstieg ist vor allem einem „Phantom“ zu verdanken: Marek Mintal. Ein Jahr später erobert der Slowake als erster Nürnberger überhaupt die Torjägerkanone in der Bundesliga.
In der Saison 2005/2006 schwebt der FCN lange in Abstiegsgefahr, doch dann geht es mit Hans Meyer als neuem Trainer steil bergauf. 2007 dann als Nürnberger Sommermärchen der Sieg im Finale um den DFB-Pokal gegen den VfB Stuttgart, den frisch gebackenen Deutschen Meister. Der erste Titel nach 39 langen Jahren.
Der Traum von Europa endet erst in der UEFA-Pokal-Zwischenrunde in Lissabon. Dem Abstieg als Tabellensechzehnter folgt 2009 der Aufstieg dank erfolgreicher Relegation.
Die Stadionzeitung heißt "ClubMagazin", die Mitgliederzeitung zunächst "Club aktuell" und ab 2007 "Wir sind der Club".